全基因组分析相关论文文献

　　全基因组分析在农作物、生物医学领域应用是比较广泛的，农作物、生物基因研究人员晋升职称会发表相关的论文，为此学术顾问在这里推荐了几篇全基因组分析相关论文文献，发表论文的人员可作为参考：

　　文献一、沪农灵芝1号全基因组分析和演化比较

　　摘要对"沪灵芝"(Ganoderma lucidum SH)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进一步选取其中具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析和分子钟估计结果显示,沪灵芝分化时间(8.75百万年前)明显晚于灵芝属分化时间(180百万年前);基因家族尺寸和直系同源基因数目分析显示,与另外参试灵芝菌种相比沪灵芝基因家族具有一定的收缩趋势;进一步对基因家族数目进行比较的结果显示,沪灵芝逆转录酶家族发生了显著扩增。GO功能分析提示沪灵芝逆转录酶家族的功能富集主要为核酸结合功能和酶的催化活性。

　　出处《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期1-5,19,共6页

　　关键词灵芝 全基因组分析 分子钟 基因扩增 GO功能分析

　　文献二、欧洲山杨bHLH转录因子家族全基因组分析

　　摘要为了研究欧洲山杨中bHLH转录因子家族成员的分类和进化,分析其在干旱胁迫应激中可能行使的功能,本研究利用多种生物信息学手段从全基因组水平鉴定和解析欧洲山杨bHLH转录因子,并对干旱胁迫下的欧洲山杨根部转录组进行分析.结果显示,欧洲山杨的基因组中有167个bHLH转录因子家族蛋白.通过与拟南芥bHLH蛋白序列进行系统发育分析将其分为15个亚家族,并推测出39个PtbHLH的功能,这些功能表明bHLH转录因子家族涉及到欧洲山杨生长发育的多个生理过程.基因结构和motif分析显示,同一亚家族中几乎所有的PtbHLH都有相似的外显子/内含子排布和蛋白质motif结构.此外,利用RNA-seq数据分析干旱胁迫处理下PtbHLH基因的表达情况,筛选出4个潜在的bHLH抗旱蛋白.

　　关键词欧洲山杨 BHLH 转录因子 全基因组分析

　　文献三、贝莱斯芽孢杆菌Mr12预防苹果轮纹病等病害的潜力及其全基因组分析

　　摘要【目的】探究新疆野苹果内生贝莱斯芽孢杆菌Mr12对多种植物病害的生防潜力,明确其抑菌活性物质稳定性、抑菌作用表现和抑菌物质遗传基础,为生防制剂开发利用提供依据。【方法】采用平板对峙法测定菌株Mr12对6种供试植物病原菌的抑制作用。以苹果轮纹病菌(Botryosphaeria dothidea)为供试病原菌,测定Mr12无菌滤液抑菌稳定性及无菌滤液对苹果轮纹病菌孢子萌发和菌丝生长的影响;利用3代测序平台Nanopore测定Mr12的全基因序列,通过BLASTX比对注释所含基因,预测分析菌株Mr12抑菌作用的遗传基础。【结果】菌株Mr12对6种供试植物病原菌均具有抑制作用,抑制率在55%~91%。该菌株无菌滤液在pH 4~10范围内抑菌活性稳定,对酸碱的耐受范围广;对紫外线照射和蛋白酶K不敏感,80℃以内具有较强的热稳定性。Mr12无菌滤液可使苹果轮纹病菌菌丝膨大畸形,抑制菌丝生长和孢子萌发。通过全基因序列信息分析,发现Mr12含有合成difficidin、fengycin、bacillibactin、surfactin等多种肽聚糖和聚酮糖类抗性化合物的基因簇,以及能够降解病原菌细胞壁的β-1,3-葡聚糖酶和几丁质酶相关的基因。【结论】菌株Mr12对多种植物病原物具有广谱拮抗作用,抑菌物质稳定性高,具有产生多种肽聚糖和聚酮糖类抗性化合物和细胞壁水解酶的能力。

　　关键词苹果 内生细菌 抑菌广谱性 贝莱斯芽孢杆菌 全基因组分析 抑菌稳定性 抗菌机制

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